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Está ubicado en el Distrito II, frente al costado noreste del Edificio Central del Instituto Nicaragüense del Seguro Social.
Las epidemias de cólera que asolaron Nicaragua en 1855 y 1867 en Managua, obligaron a disponer de un terreno para cementerio en las afueras de Santiago de Managua. Luego en 1865 se inicia la construcción de una ermita a San Pedro, nombre que tomó el cementerio y el barrio que surgió a sus alrededores. El 30 de noviembre de 1875, el Presidente Pedro Joaquín Chamorro Alfaro decretó el Reglamento del Cementerio, publicado en la Gaceta No. 58 del 11 de diciembre del 1875, siendo propiedad de la Junta de Caridad.
Desde 1922 el cementerio quedó en abandono, el 31 de marzo de 1931 el terremoto que destruyó Managua, derribó la ermita de San Pedro y los monumentos más altos.
El 12 de noviembre de 1991 el Concejo Municipal declaró el cementerio como Patrimonio Histórico del Municipio de Managua, siendo elevado a la categoría de Patrimonio Histórico de la Nación mediante Decreto No. 36-2003 del 12 de abril del 2003.